Федеральный закон от 28 февраля 2006 г. № 28-ФЗ направлен на устранение неточности, возникающей с момента внесения в Налоговый кодекс изменений в связи с принятием Федерального закона "Об особых экономических зонах в Российской Федерации". Согласно этим изменениям, с 1 января 2006 г. перечень документов, необходимых для подтверждения обоснованности применения налоговой ставки 0 % по НДС, должен быть дополнен документами, подтверждающими факт поставки товаров резиденту особой экономической зоны. В этот перечень включаются, в частности, контракт с резидентом особой экономической зоны, платежные документы об оплате товаров, копия свидетельства о регистрации лица в качестве резидента особой экономической зоны и др. Наличие подобного положения являлось препятствием для применения налогоплательщиками вычетов по НДС.
Указанные документы необходимо представлять только в случаях помещения товаров под таможенный режим свободной таможенной зоны.
Кроме того, уточнен порядок применения вычета по НДС по капитальному строительству в отношении объектов, строительство которых началось до 1 января 2006 г. Данное уточнение предоставляет возможность применения указанного вычета только в случае фактической уплаты НДС, что позволяет не допустить необоснованное возмещение сумм НДС в 2006 г.