Федеральным законом от 13 марта 2006 г. № 39-ФЗ внесены изменения в главы 26.1 и 26.3 части второй Налогового кодекса Российской Федерации и статью 2.1 Федерального закона «О внесении изменений и дополнений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и некоторые другие акты законодательства Российской Федерации о налогах и сборах, а также о признании утратившими силу отдельных актов (положений актов) законодательства Российской Федерации о налогах и сборах».
Изменения направлены на поддержку сельхозпроизводителей путем создания для них более благоприятных условий в области налогообложения. В этих целях существенно изменяются положения главы 26.1 "Система налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (единый сельскохозяйственный налог)" НК РФ. Изменения касаются порядка и условий перехода на уплату единого сельскохозяйственного налога и прекращения применения системы налогообложения для сельхозпроизводителей, порядка определения объекта налогообложения и налоговой базы, порядка исчисления и уплаты единого сельскохозяйственного налога. В частности, увеличен перечень расходов, уменьшающих налоговую базу.
Сельхозпроизводители, не перешедшие на уплату единого сельскохозяйственного налога, на период до 2007 г. включительно освобождаются от уплаты налога на прибыль. Кроме того, в период с 2008 по 2011 гг. им предоставляются налоговые льготы.