В Письме от 9 февраля 2006 года № 03-05-01-04/21 чиновники Минфина РФ высказали мнение, что если работодатель установил размер надбавки работнику за вахтовый метод работы, и размер этой надбавки зафиксирован в коллективном договоре или локальном нормативном акте, то такие надбавки не подлежат налогообложению НДФЛ и ЕСН.
Это вытекает из п. 3 ст. 217 и подпункта 2 п. 1 ст. 238 Налогового кодекса, согласно которым не подлежат налогообложению НДФЛ и ЕСН все виды установленных законодательством компенсационных выплат, в частности, с выполнением физическим лицом трудовых обязанностей.