В письме Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 23 марта 2006 г. № 03-04-08/67 чиновники пояснили, что документами, служащими основанием для принятия к вычету сумм НДС, уплаченных при ввозе товаров на таможенную территорию РФ, является таможенная декларация на ввозимые товары, оформленные в таможенных режимах выпуска для внутреннего потребления или временного ввоза, и платежные документы, подтверждающие фактическую уплату таможенному органу сумм НДС.
В случае уплаты таможенным органам НДС комиссионером налог принимается к вычету у комитента после принятия на учет приобретенных товаров на основании документов, подтверждающих уплату налога комиссионером, а также таможенной декларации (ее копии) на ввозимые товары, полученной от комиссионера, а не на основании счета-фактуры.