В Письме Минфина РФ от 11 апреля 2006 года № 03-05-01-04/83 говориться, что в Налоговом кодексе не предусмотрено возможности выбора налогоплательщиком того или иного метода расчета налоговой базы, а лишь предоставляется право при невозможности документально подтвердить произведенные им расходы получить взамен имущественный налоговый вычет.
Именно поэтому, налоговая база в пределах одной категории ценных бумаг рассчитывается отдельно с применением имущественного налогового вычета, по ценным бумагам, расходы, на приобретение которых невозможно подтвердить документально, и с применением вычета в размере документально подтвержденных расходов на приобретение, реализацию и хранение ценных бумаг, если такие расходы могут быть документально подтверждены.