В Письме Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 4 апреля 2006 г. № 03-02-07/1-80 чиновники пояснили, что в соответствии с НК РФ сумма излишне уплаченного налога подлежит зачету в счет предстоящих платежей налогоплательщика по этому или иным налогам, погашения недоимки либо возврату налогоплательщику. При этом зачет суммы излишне уплаченного налога в счет предстоящих платежей осуществляется на основании письменного заявления налогоплательщика по решению налогового органа.
Согласно разъяснению, в случае вынесения судебного решения, обязывающего налоговый орган произвести зачет излишне уплаченных сумм налога в счет авансовых платежей по налогу, данный зачет должен быть проведен налоговым органом во исполнение указанного решения суда, вступившего в законную силу.