Президиум Высшего Арбитражного Суда РФ своим постановлением от 16 мая 2006 г. № 15326/05 отменил состоявшиеся судебные акты, в соответствии с которыми было признано, что отсутствуют основания для начисления налогоплательщику пеней по НДС, поскольку его право на применение налоговой ставки 0 процентов было подтверждено налоговым органом, что исключает наличие недоимки по налогу.
Поясняется, что п. 9 ст. 165 НК РФ установлено, что если по истечении 180 дней, считая с даты выпуска товаров региональными таможенными органами в режиме экспорта или транзита, налогоплательщик не представил документы, предусмотренные ст. 165 НК РФ, операции по реализации товаров (выполнению работ, оказанию услуг) подлежат налогообложению по ставке соответственно 10 процентов или 18 процентов. Поскольку налоговая декларация по НДС по ставке 0 процентов и документы, указанные в п. 1 ст. 165 НК РФ, были поданы налогоплательщиком с пропуском установленного законом 180-дневного срока, у него возникла обязанность по уплате НДС по налоговой ставке 10 процентов. Невыполнение этой обязанности привело к образованию недоимки по НДС, что является основанием для начисления пеней на основании ст. 75 НК РФ. Подтверждение же налоговым органом обоснованности применения налогоплательщиком ставки 0 означает, что пени должны начисляться, начиная с 181-го дня и до дня подачи налоговой декларации по налоговой ставке 0 процентов вместе с документами, предусмотренными ст. 165 НК РФ.